Les catacombes de San Gennaro du deuxième siècle, comme les catacombes romaines, sont un labyrinthe de passages et de chambres funéraires, mais sont plus ambitieuses sur le plan architectural et ont des peintures plus fines que leurs homologues romaines.
Il y en a deux niveaux, et dans les voûtes des catacombes supérieures se trouvent des fresques de la fin du IIe siècle.
Ici aussi, la petite crypte des évêques et la grande basilique souterraine, à trois nefs taillées dans la pierre et décorées de fresques du IVe au VIe siècle.
La basilique a été construite près des catacombes au Ve siècle, et bien qu'elle ait subi plusieurs changements, c'est un exemple rare de l'architecture paléochrétienne.
